Durante la guerra in Kosovo del 1998-1999, Thaçi è stato uno dei leader dell’Esercito di Liberazione del Kosovo (UÇK), che ha combattuto contro le forze serbe per la secessione della regione dalla Serbia. Il tribunale lo ha riconosciuto colpevole di omicidi, torture e detenzioni illegali. In particolare, si tratta dell’uccisione di 96 persone, tra le quali vi erano oppositori politici dell’UÇK e soggetti sospettati di collaborazione con le forze di sicurezza serbe. Lo stesso Thaçi ha respinto le accuse.

In Kosovo, Thaçi e altri comandanti dell’UÇK sono considerati da molti albanesi eroi nazionali. Prima della lettura della sentenza, a Pristina si sono svolte manifestazioni a suo sostegno, i cui partecipanti hanno sventolato bandiere dell’Esercito di Liberazione del Kosovo.